Si bien no hay duda de que Altun Ha fue una ciudad muy importante en su apogeo, hay muchos misterios que rodean al sitio. Sin embargo, el sitio de excavación en sí -con plazas, templos y pirámides cubiertas de hierba- sólo cubre un área de casi 3 Km². La ciudad de Altun Ha se extiende sobre un área de alrededor de 64 Km². Algunos piensan que la desaparición de Altun Ha fue el resultado de una rebelión violenta de campesinos.